Le film débute sur les Marshall Teddy Daniels et Chuck Aule dépêches sur l’île de Shutter Islands hébergeant un asile pour patients fortement dangereux, où l’un des patientes « Rachel » ayant tuée ses 3 enfants, s’est évadée de sa chambre.
On découvre une ambiance pesante rempli de mystère inavoués par l’ensemble des « habitants » de l’île. Durant la première journée un tas d’informations sont cachés voir refusées au duo.
Le lendemain les deux collègues se lancent dans l’interrogatoire des patients étant en thérapie avec la disparu, cela devient étrange lorsqu’une femme semblant normale lui conseille vivement de s’enfuir de l’île.
Les recherches se poursuivent et une tempête violent éclate, c’est à ce moment au milieu du cimetière que les doutes se mettent en place, ces doutes ne s’amoindrissent pas après que Rachel soit « miraculeusement » retrouvée. Après cela, Teddy commence à faire devenir parano et faire des crises délirantes.
Après une nuit mouvementée l’ensemble des l’île est au travail pour récupérer les patients et réparer les dégâts de la tempête. Une visite dans les « cachots » et une rencontre avec le présumé pyromane meurtrier de sa femme le pousse à se rendre au phare initialement fermé.
C’est à ce moment qu’il perd la trace de son partenaire Chuck qu’il cherchera ardemment avant que la nuit tombe pour finalement finir dans une grotte où il rencontre la présumée « vraie » Rachel qui lui raconte toute l’histoire de la lobotomie.
Dès lors il comprend qu’un complot se tourmente et qu’il va difficilement pouvoir quitter l’île avec son collègue qu’il continue de chercher. Il comprends aussi que depuis son arrivé il est en permanence drogué par les locaux.
Il se rend alors au phare pensant qu’on lui a menti et que son collègue est retenu là sauf que c’est le docteur qu’il rencontre.
Le plot-twist commence, celui-ci lui annonce qu’il est le réel patient de cette mise en scène et que cela fait 2 ans qu’il est interne à Shutter Island après le meurtre de sa femme, elle même meurtrière de leurs 3 enfants. Il ne croit pas le docteur pensant qu’on le manipule, c’est seulement quand son collègue Marshall rentre en lui expliquant qu’il est son thérapeute qu’il décide « d’écouter ».
On découvre peu à peu ce passé en image, c’est dur à regarder au vu de la « violence » des scènes et de l’émotion. Après cela Teddy se rappelle de son vrai nom Andrew Laeddis et qu’il s’est créé un anagramme comme pour sa femme Dolores Chanale devenue Rachel Solando.
On apprend que cela fait plusieurs fois qu’il se souvient de ce passé mais qu’à chaque fois il l’oubli de plus belle. D’où l’idée de ce jeu de rôle à taille réel.
On finit sur l’iconique phrase :
Cet endroit me laisse un peu perplexe. Qu'est-ce qu'il y a de pire pour vous ? Vivre en monstre ou mourir en homme bien ?
Cela présente l’hésitation d’Andrew à poursuivre sa vie en connaissance de ses horreurs ou bien subir la lobotomie qui lui était initialement destinée.