S3 E1 • Un étrange docteur

Alors que Mary Jane disparaît mystérieusent, Spider-man la retrouve dans une secte. Spider-Man se rend là-bas pour sauver Mary-Jane mais il se retrouve hypnotisé par Mordo, un homme qui tente de faire venir un dénommé Dormammu pour détruire la Terre. Le Docteur Strange le sauvera et tous deux iront récupérer un puissant artefact volé pendant l'attaque et qui permettra de faire venir Dormammu...

S3 E2 • Faites un vœu

Spider-Man reçoit une invitation d'une très grande fan de lui. Refusant l'invitation tout d'abord, c'est Madame Web, une medium, qui l'obligera à s'y rendre. La fille s'appelle Taïna et Spider-Man lui raconte alors ses origines et comment il est devenu justicier. Il l'emmène alors faire un tour en ville mais le Dr Octopus attaque et capture Spider-Man...

S3 E3 • L’Attaque de l’OctoRobot

Octopus a capturé Spider-Man et lui fait perdre la mémoire. En se réveillant, il n'a plus aucun souvenir et Dr Octopus lui fait croire qu'il est un malfaiteur. Taïna, qui a tout observé, va chercher de l'aide afin d'aider Spider-Man.

S3 E4 • Bouffonnerie

Alors que Norman Osborn travaille sur un gaz, une mauvaise manipulation provoque l'explosion de l'usine. Si son collègue s'en sort bien, Norman Osborn disparaît. Le Bouffon Vert apparaît et enlève tous ceux qui font partie du conseil d'administration d'Oscorp. Spider-Man soupçonne que Harry est derrière tout cela pour venger la mort de son père.

S3 E5 • Une bonne leçon

Robert, un garçon des rues, vole un équipement chez des criminels. Tout d'abord voulant s'en servir pour devenir riche, celui-ci revient sur sa décision mais les criminels, munie d'un grande roue capable de tout écraser, reviennent et l'attaque. Spider-Man et lui devront faire équipe afin de se débarrasser d'eux.

S3 E6 • Pris au piège

Peter est embauché par Wilson Fisk pour un nouveau travail. Faisant son travail normalement, il se retrouve recherché par la police pour avoir vendu des documents top secrets. Il va en prison mais durant son trajet, il est enlevé par le Caméléon, qui a revêtu les traits de Spider-Man. Il s'avère en fait qu'il s'agissait d'un piège de Richard Fisk, qui cherche à l'éliminer. Cependant, il sera sauvé par un certain Daredevil...

S3 E7 • Un allié précieux

Spider-Man et Daredevil récupère des fichiers qui pourront innocenter Peter Parker. Les hommes de Wilson Fisk tentent de les en empêcher. L'avocat de Peter, Matt Murdock alias Daredevil, récupère la preuve. Finalement, la preuve revient entre les mains de Fisk, et Peter, qui venait rendre visite à sa tante, se fait à nouveau capturer avec Mary-Jane...

S3 E8 • Un adversaire inattendu

Alistaire Smythe contacte Spider-Man pour demander de l'aide car le Caïd prévoit quelque chose contre lui. Les deux prévoit alors un rendez-vous mais le Caïd est déjà à l'action. En effet, avec l'aide du Dr London, il compte transformer Smythe en une créature robotique qui ne fait que l'écouter. Mais l'âme de Alistaire Smythe combat afin de reprendre le contrôle de son corps.

S3 E9 • Une vieille rancune

Robbie détient des preuves permettant d'envoyer Alicia Silvermane en prison. Tombstone refait surface et Robbie a l'air de le connaître. Il veut que Robbie abandonne son affaire sur Alicia. Parallèlement, le fils de Robbie se dirigerait vers le côté voyou.

S3 E10 • Le Retour de Venom

Dormammu fait revenir le symbiote sur Terre et un innocent le transporte vers Eddie Brock, détenu en prison. Venom est de retour et doit travailler pour Dormammu en cadeau du symbiote.

S3 E11 • Carnage

Spider-Man and Venom must put aside their differences and help Iron Man stop Carnage and Baron Mordo from releasing Dormammu.

S3 E12 • Les Trous noirs

Ex-employee of Stark Industries, Dr. Jonathan Ohn, invents a portable interdimensional technology that accidentally makes him the living embodiment of a portal. Calling himself the Spot, he tries to steal money to fund his research. But his unstable invention has created a vortex that threatens to engulf New York. How can Spider-Man fight that?

S3 E13 • Le Combat des bouffons

When Dr. Ohn's Time Dilation Accelerator falls into the wrong hands all the criminal minds of the city vie for the portal technology. Peter and Mary Jane are celebrating Felicia Hardy's engagement to Jason Macendale when they overhear plans for a major heist!

S3 E14 • Une soirée à risques

Peter Parker and Mary Jane are finally a couple, but there happiness is short-lived as the Green Goblin, armed with a time distorter and the true identity of Spider-Man, seeks to destroy Spidey, by any means necessary.