S3 E1 • La guerre est déclarée (1)

Les membres de l'équipe Scorpion doivent mettre de côté leurs soucis personnels lorsque des hackers anonymes gagnent le contrôle d'avions et bateaux de l'Armée américaine et prennent pour cible plusieurs métropoles du pays.

Première diffusion : 3 octobre 2016

S3 E2 • La guerre est déclarée (2)

Scorpion poursuit son enquête contre le piratage étranger de l'arsenal américain : l'équipe a très peu de temps pour récupérer le contrôle de quatre destroyers, positionnés près des villes, et d'un sous-marin muni d'un missile nucléaire...

Première diffusion : 3 octobre 2016

S3 E3 • Perdu dans l'espace

Lorsque Walter est accidentellement lancé dans l'espace dans une fusée, il hallucine à propos de Paige quand son oxygène se fait rare et l'équipe Scorpion travaille fiévreusement pour trouver un moyen de le ramener à la maison avant qu'il ne s'étouffe.

Première diffusion : 10 octobre 2016

S3 E4 • Des enfants pas comme les autres

Daniel, un camarade de classe de Ralph atteint d'autisme non verbal, disparaît lors d'une sortie scolaire après avoir malencontreusement échangé sa tablette avec un criminel en repérage sur place. Pendant ce temps, Toby est sur le point de découvrir l'identité du mari d'Happy…

Première diffusion : 17 octobre 2016

S3 E5 • Une nuit au musée

Assignés à une mission de nuit bénigne au musée d'histoire naturelle, les membres de Scorpion tombent sur des criminels infiltrés dans le bâtiment. Avant cela, Toby venait d'apprendre que Walter et Happy se sont mariés six ans plus tôt pour que ce dernier obtienne sa carte de résident américain…

Première diffusion : 24 octobre 2016

S3 E6 • Chauve qui peut !

Le jour d'Halloween, avant que Walter et Happy ne reçoivent une visite des services d'immigration, les membres de Scorpion partent en mission de spéléologie dans une grotte d'Arizona. Partis guérir des chauve-souris malades afin d'empêcher un dérèglement de l'écosystème, leur mission va prendre une autre tournure avec le sauvetage d'un couple de zoologistes…

Première diffusion : 31 octobre 2016

S3 E7 • Votez Scorpion !

Le jour des élections présidentielles, Scorpion est mandaté par le Président pour une mission, de laquelle Walter est exclu étant donné qu'il est suspecté de fraude à la citoyenneté. L'équipe, qui doit comprendre pourquoi les serveurs des machines de comptage des votes sont en surchauffe, découvre qu'un logiciel espion est à la manœuvre en vue de manipuler les résultats de l'élection…

Première diffusion : 7 novembre 2016

S3 E8 • Une balade irlandaise

Un an après le décès de Megan, une procession en son honneur est organisée dans le petit village irlandais de la famille O'Brien, à laquelle toute l'équipe Scorpion est invitée. Sur place, Walter détecte une catastrophe géothermique imminente et doit convaincre sa famille de croire en lui…

Première diffusion : 14 novembre 2016

S3 E9 • Le dossier Veronica

Alors qu'elle se décarcasse pour préparer le repas de Thanksgiving, Paige a la désagréable surprise de tomber sur sa mère comme nouvelle cliente pour une mission. Au service d'investisseurs immobiliers, Véronica Dineen a découvert, caché dans le sous-sols d'un vieux bâtiment, un réacteur nucléaire que l'équipe Scorpion doit mettre en sécurité au plus vite…

Première diffusion : 21 novembre 2016

S3 E10 • Le seigneur des marais

Walter et son équipe doivent secourir une femme piégée dans sa voiture immergée dans une nappe de goudron. La mère de Paige, qui a proposé de garder son petit-fils pendant cette mission, révèle ses dons d'escrocs lors d'une vente de cookies…

Première diffusion : 12 décembre 2016

S3 E11 • Un noël presque parfait

Le réveillon de Noël s'engageait bien pour les membres de Scorpion, réunis dans un chalet coupé du monde, jusqu'à ce qu'ils tombent sur un agent infiltré de l'ATF poursuivi par des trafiquants d'armes… Intégré à part entière dans l'équipe, Tim doit prendre une décision sur son affectation au Moyen-Orient.

Première diffusion : 19 décembre 2016

S3 E12 • Le Cabe de glace

Cabe est grièvement blessé par l'explosion d'une turbine au cours d'une mission dans le désert. Pour procéder à une opération d'urgence, les membres de l'équipe doivent d'abord geler le corps de leur chef…

Première diffusion : 2 janvier 2017

S3 E13 • Fausse monnaie, vrais problèmes

Lorsqu'une partie de l'équipe Scorpion est kidnappée afin de produire des faux dollars pour une nation étrangère et hostile, Paige doit compter sur les compétences de sa mère, qui maîtrise les techniques de contrefaçons.

Première diffusion : 16 janvier 2017

S3 E14 • Les bouche-trous

Scorpion aide des foreurs à localiser une fuite dans une conduite d'eau lorsqu'un gouffre géant se forme, risquant d'engloutir un silo de produits chimiques au sommet duquel un homme est coincé. Paige aide sa mère à récupérer son argent caché et à se débarrasser d'un homme à ses trousses…

Première diffusion : 23 janvier 2017

S3 E15 • Un geek à la mer

Une entreprise de sauvetage maritime embauche Scorpion pour localiser un trésor sous-marin. Séparée en deux équipes, la mission tourne au drame lorsque le bateau de Walter et Paige explose et que tous deux se perdent en mer, encerclés par des requins…

Première diffusion : 6 février 2017

S3 E16 • Que le meilleur gagne

Scorpion doit exfiltrer une championne d'échecs lors d'une compétition internationale dans son pays, une dictature de l'Est sur le point de l'identifier comme espionne pour le gouvernement américain.

Première diffusion : 13 février 2017

S3 E17 • Very Bad Flip

L'équipe est envoyée au pôle nord dans une réserve de semences pour régler une panne. Mais la mission va s'avérer être une horreur pour Happy, Cabe et Sylvester qui vont se retrouver face à leur pire cauchemar suite à la fermentation des semences.

Première diffusion : 20 février 2017

S3 E18 • Dans sa bulle

Happy est relation intranet avec une jeune fille au sujet d'un moteur. Cependant, lorsque celle-ci ne lui répond plus, Happy se met en tête que quelque chose de grave est arrivé et se rend chez la demoiselle. Arrivée sur place, Happy se rend compte que la jeune fille vit dans une bulle qui menace de casser suite à une tempête. Le reste de l'équipe est alors appelé à la rescousse pour sauver la jeune fille qui ne peut être au contact d'aucune bactérie, ce qui rend la mission encore plus difficile.

Première diffusion : 27 février 2017

S3 E19 • Malin comme un singe

Un virus menace de décimer la quasi-totalité de la population sud-américaine car aucun remède n'a été trouvé. Scorpion est donc envoyée sur le terrain pour trouver une espèce rare de singe immunisée contre ce virus afin de trouver l'origine de cet immunité pour en faire un vaccin. Cependant, les membres de l'équipe vont se retrouver face à des truands qui menaceront la réussite de leur mission.

Première diffusion : 13 mars 2017

S3 E20 • Deux filles dans le vent

Scorpion est appelée pour vérifier la turbine d'une éolienne mais lorsque le téléphérique qui mène à la structure se retrouve bloqué à 100m du sol avec Happy et Paige, la mission se transforme en sauvetage. Seules dans la cabine, les filles en profitent pour faire un point sur leur relation et le mariage, ce qui rendra l'atmosphère tendue.

Première diffusion : 20 mars 2017

S3 E21 • Le corps céleste

Scorpion est appelé par un état voisin pour récupérer une capsule spatiale qui menace de s'écraser sur Terre. Cependant, une fois la capsule récupérée, l'équipe va se rendre compte qu'elle contient une éventuelle souche bactérienne mortelle. Face au gouvernement dictatorial de cet état, l'équipe va devoir user de sa ruse pour détruire cette souche bactérienne.

Première diffusion : 10 avril 2017

S3 E22 • En avant Mars !

L'équipe scorpion est engagée par une entreprise développant des dômes biologiques pour la NASA. A l'intérieur du dôme, tout ne se passe pas comme prévu... Parallèlement, les conditions spéciales sous le dôme causent des flashbacks sur l'épisode de la fusée à Walter. Ces flashbacks le pousseront à prendre une décision radicale pour l'avenir de l'entreprise...

Première diffusion : 17 avril 2017

S3 E23 • Le plus beau jour de leur vie

La foudre a mis le feu à un filon de charbon souterrain à East Lake. L'équipe de Scorpion est engagée afin de stopper la propagation de ce feu qui se dirige vers un câble de télé-communication souterrain. La résolution de cette catastrophe imminente laissera place à un rapprochement important entre Paige et Walter. Malheureusement, toute l'équipe loupera l'avion pour le mariage de Toby et d'Happy. Paige organisera alors un mariage sur le parking d'un magasin. À la fin de l'épisode, Paige et Walter seront officiellement ensemble.

Première diffusion : 1 mai 2017

S3 E24 • Les Naufragés - 1ère partie

À la suite d'un problème technique, l'avion qui part en direction de Tahiti va devoir s'écraser sur une île déserte. Le pilote est blessé mais l'équipe va le sauver. Petit problème, le pilote et Scorpion vont bientôt être à court de nourriture et Sylvester commence à perdre la tête. Parallèlement, Walter et Paige commencent leur relation.

Première diffusion : 8 mai 2017

S3 E25 • Les Naufragés - 2ème partie

Plusieurs semaines se sont écoulées depuis le crash. Sylvester passe beaucoup de temps dans le bunker avec son lézard. Il écrit un journal dans lequel il relate l'esprit de cohésion de scorpion. Paige et Walter se rapprochent de plus en plus. Toute l'équipe est au plus bas et commence à se diviser. Chacun cherchant un moyen pour rentrer à Los Angeles. Sylvester réunira Scorpion en leur montrant qu'aucune solution n'est envisageable si l'équipe ne travaille pas de manière soudée. Au final, ils trouveront une solution et créeront un aimant qui perturbera les signaux et alertera les chercheurs et météorologues. Ralph frôlera la mort tout comme Scotty en essayant cet aimant. À leur retour, Toby découvrira un secret sur le passé d'Happy.

Première diffusion : 15 mai 2017